O saneamento básico é um direito constitucional e indissociável na vida das pessoas. O presente estudo tem como enfoque o sistema de saneamento ecológico denominado Banheiro Seco, que é um sistema que não utiliza água para descarga de dejetos, as fezes são coletadas e armazenadas e passam por um processo de compostagem. O objetivo desse trabalho é avaliar a qualidade microbiológica do composto final obtido em três banheiros secos instalados no Estado de São Paulo. Realizaram-se a análise microbiológica de coliformes termotolerantes através da técnica de número mais provável (NMP) que é um método de análise quantitativo que permite determinar o NMP do grupo ou microrganismo alvo na amostra. Sendo o resultado expressivo e satisfatório pois, duas das amostras apresentaram a contagem < 3,0 NMP/g de coliformes termotolerantes enquadrando-se dentro da legislação brasileira vigente.  Conclui-se, a partir dos resultados obtidos, que os compostos obtidos pela técnica do banheiro seco, não apresentam riscos com relação ao grupo de coliformes termotolerantes fortalecendo-se assim seu potencial de utilização na agricultura.